微生物指標(biāo)在國標(biāo)中規(guī)定了菌落總數(shù)、大腸菌群、致病菌和霉菌、酵母菌4項。從近幾年對純凈水檢測的情況看，微生物指標(biāo)是比較容易超標(biāo)的指標(biāo)之一。這是由于微生物污染體現(xiàn)在純凈水在生產(chǎn)加工、運輸和銷售過程等各個環(huán)節(jié)上。在生產(chǎn)加工中，工人不注意個人衛(wèi)生，回收瓶的清洗、不嚴格，甚至一些廠家為降低成本，回收瓶蓋再次使用，由于回收瓶蓋的變形，造成瓶口不密封都有可能引起微生物污染。微生物的超標(biāo)反映出水的污染程度。其中大腸桿菌達到一定指標(biāo)，會引起人體腹瀉。致病菌包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌和乙型鏈球菌。沙門氏菌、志賀氏菌污染的水會引起急性腸道傳染病，出現(xiàn)腹瀉發(fā)熱等癥狀；金黃色葡萄球菌產(chǎn)生的腸毒素會引起人體中毒，出現(xiàn)急性胃腸道癥狀，甚至危及生命；乙型鏈球菌則是造成人體化膿性炎癥的主要病原菌；霉菌和酵母菌普遍分布于自然界，在食物中生長的霉菌在繁殖過程中吸取了食品的營養(yǎng)成分使食品的營養(yǎng)價值降低，并且散發(fā)異味，影響食品的感官，尤其是霉菌生長的過程中產(chǎn)生的毒素會引起人體慢性中毒，嚴重者會導(dǎo)致癌癥。

國標(biāo)衛(wèi)生指標(biāo)中還有一項重要指標(biāo)為亞硝酸鹽含量。亞硝酸鹽主要來源于水源附近土壤中的硝酸鹽，鹽堿地、大量施用硝酸鹽肥料以及缺鉬的土壤中硝酸鹽含量更高。在國標(biāo)中規(guī)定亞硝酸鹽不得超過0.002mg/L。