檜柏屬于喬木，高20米、胸徑3.5米；樹皮深灰色，縱裂，成條片開裂、裂成不規(guī)則的薄片脫落；幼樹的枝條通常斜上伸展，形成尖塔形樹冠，老則下部大枝平展，形成廣圓形的樹冠；小枝通常直或稍成弧狀彎曲，生鱗葉的小枝近圓柱形或近四棱形，徑1~1.2毫米。葉二型，即刺葉及鱗葉；刺葉生于幼樹之上，老齡樹則全為鱗葉，壯齡樹兼有刺葉與鱗葉；生于一年生小枝的一回分枝的鱗葉三葉輪生，直伸而緊密，近披針形，先端微漸尖，長2.5~5毫米，背面近中部有橢圓形微凹的腺體；刺葉三葉交互輪生，斜展，疏松，披針形，先端漸尖，長6~12毫米，上面微凹，有兩條白粉帶。雌雄異株，稀同株，雄球花黃色，橢圓形，長2.5~3.5毫米，雄蕊5~7對，常有3~4花藥。球果近圓球形，徑6~8毫米，兩年成熟，熟時暗褐色，被白粉或白粉脫落，有1~4粒種子；種子卵圓形，扁，頂端鈍，有棱脊及少數(shù)樹脂槽；子葉2枚，出土，條形，長1.3~1.5厘米，寬約1毫米，先端銳尖，下面有兩條白色氣孔帶，上面則不明顯。