提示一：企業(yè)可考慮在“管理費用”明細賬下設“研發(fā)費用”明細賬，按各“研發(fā)項目”歸集核算“內部研究開發(fā)投入”和“委托外部研究開發(fā)投入”。這樣發(fā)生的全部研發(fā)費用就在一本賬上反映，把在準備申請認定材料時要做的工作，當成日常事務給做了。既可以便于申請認定時注冊會計師的審計核對，也有利于計算應納稅所得額時技術開發(fā)費的加計扣除，主管稅務機關審核起來也方便。在填寫《企業(yè)年度研究開發(fā)費用結構明細表》時，只需抄錄注冊會計師的審計報告即可。

提示二：企業(yè)應當設有專門的科研人員名冊，一方面便于申請認定時對科研人員比例要求的核對;另一方面，便于在費用歸集時的相互對應。企業(yè)應當和科研人員訂有勞動合同，繳納社會保險，強調的是科技人員在企業(yè)工作時間每年不少于半年(183天)。在支付科研人員人工費時，可以考慮集中制表且與勞動合同相一致。

提示三：企業(yè)在研發(fā)工作開展后發(fā)生的設備折舊和無形資產攤銷可直接計算，企業(yè)可根據(jù)批準的研發(fā)項目立項報告，把“固定資產”和“無形資產”的管理部門調整為研發(fā)機構，以便正確計算折舊和攤銷額。

提示四：設計(規(guī)劃)費用、裝備調試費要有合法證據(jù)，這些費用往往是發(fā)生在企業(yè)內部中，沒有多少外來原始憑證，事后很難收集和核實，比如調試設備的次數(shù)和每次消耗電費、相關技術工人的人工。所以，企業(yè)應按內部核算的要求，做好原始記錄和憑證，及時履行審批程序，逐月結算入賬。

提示五：委托外部研究開發(fā)費用要注意項目成果及與企業(yè)主要業(yè)務緊密相關是衡量外部研發(fā)費用能否計入的重要因素。在簽訂委托合同時，應當特別注明。另外，發(fā)生的全部委托外部研發(fā)費用在申請認定時只能按80%計算，但在計算加計扣除時則沒有這樣的限制。