1、所保護(hù)的側(cè)重點(diǎn)不同

論文是某一學(xué)術(shù)課題在實(shí)驗(yàn)性、理論性或觀測性上具有新的科學(xué)研究成果或創(chuàng)新見解，或是某種已知原理應(yīng)用于實(shí)際中取得新進(jìn)展，這些論文的目的主要是用于在學(xué)術(shù)會議上宣讀、交流或討論，或者在學(xué)術(shù)刊物予以發(fā)表，也有一些形成項(xiàng)目文件作為項(xiàng)目申報或者答辯的依據(jù)。

從這個角度來看，論文有時候完全是純理論的東西，如一些數(shù)學(xué)公式、算法推理等等，同時，對于論文所要表達(dá)的內(nèi)容并無太多限制。論文帶給作者的很多時候只是榮譽(yù)以及著作權(quán)。

專利明顯不同，專利可保護(hù)的內(nèi)容有限制，象數(shù)學(xué)公式、科學(xué)發(fā)現(xiàn)、外科手術(shù)方法、克隆技術(shù)等可以用論文形式發(fā)表的，都不能用專利來保護(hù)。這些在專利法中被歸結(jié)為智力活動或者方法，不屬于專利法保護(hù)范疇。

申請專利的重點(diǎn)在于知識產(chǎn)權(quán)保護(hù)，發(fā)表科研論文的目的在于知識傳播和分享。

2、撰寫方式不同

專利申請書的部分為背景技術(shù)介紹，要求申請人對背景技術(shù)及其不足之處進(jìn)行描述和總結(jié)。論文或者項(xiàng)目的步部分和發(fā)明專利申請書很類似，也是介紹前人的研究工作及不足之處。不同之處在于論文必須引用和列出相應(yīng)的參考文獻(xiàn)，而專利申請則可以不列參考文獻(xiàn)。

專利申請書的第二部分為技術(shù)方案。這部分和論文的方法比較類似，但不同之處居多。這部分內(nèi)容中，要求申請人用文字和公式闡述發(fā)明的技術(shù)方案，而不能用圖表。即使發(fā)明的技術(shù)方案用圖表更容易說明問題，發(fā)明人也必須把圖表內(nèi)容轉(zhuǎn)換成文字。

尤其是涉及到復(fù)雜裝置的技術(shù)方案，用文字表述需要特殊技巧。論文的方法部分則沒有多少限制，論文撰寫人可以選擇更容易讓讀者理解和明白的論文撰寫方式，可以有詳細(xì)的公式推導(dǎo)和圖表，甚至可以直接插入實(shí)驗(yàn)器材照片，而這些在專利申請文本中是不允許的。

3、審查不同

從審查角度，專利由專利審查人審查，重點(diǎn)判斷發(fā)明的技術(shù)方案和現(xiàn)有文獻(xiàn)有無重復(fù)之處，專利檢索新穎性是是否能獲得授權(quán)的重要一環(huán)，專利審查員往往會從專利庫、論文庫以及國際專利庫、論文庫中進(jìn)行國際性檢索。

而科研論文由同行審稿，重點(diǎn)判斷實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)是否可靠，結(jié)論是否準(zhǔn)確。由于專利審查員一般不是同行，發(fā)明的技術(shù)效果無法通過專利審查保證。