實驗室凈化工程等級設計也很關鍵，一般的無菌室實驗室潔凈度等級都是萬級，一般普通實驗室則大范圍十萬級~萬級的布局設計。生物實驗室、陽性對照實驗室以及微生物培養(yǎng)實驗室則需按照靜態(tài)百級的潔凈室標準進行設計、施工。

萬級無菌室有足夠的存儲空間擺放物品以方便使用。在實驗室工作區(qū)域處還有供長期使用的存儲空間。在實驗室的工作區(qū)域處應有存放個人衣物的條件。在實驗室所有的建筑內配備高壓蒸汽自凈器，并按期檢查和驗證，以保證符合要求。

在實驗室內配備生物柜。設洗眼設施，必要時應有應急噴淋裝置?？紤]機械通風，如使用窗戶自然通風，有防蟲紗窗。有可靠的電力供應和應急照明。必要時，重要設備如培養(yǎng)箱、生物柜、冰箱等應設備用電源。實驗室出口有在黑暗是可明確辨認的標識。

無菌室內設備和用具，無菌室內的工作臺，不論是什么材質、用途的，都要求表面光滑和臺面水平。在內室和外室各安裝一個紫外燈(多為30W)。內室的紫外線燈應安裝在經常工作的座位正上方，離地面2m，外室的紫外線燈可安裝在外室中央。