在無菌車間中，使空間內達到無菌要求，就是室內環(huán)境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學類，另一種為物理類。其中，化學方法有化學劑、氣化雙氧水、臭氧和環(huán)氧乙烷等;物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。

無塵無菌車間是車間既能達到無塵效果，又能達到無菌效果的一種新有名詞。它是污染控制的源頭。在工廠里，沒有無塵室，污染敏感度高的零件不可能批量生產。無塵無菌車間被定義為具備空氣過濾、優(yōu)化、構造材料和組裝的房間，其中特定的規(guī)定操作程序是控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到其規(guī)定的標準。

無菌容器和密封件以及灌裝封口作業(yè)的局部暴露區(qū)域內空氣的潔凈度應達到100級要求，該潔凈度下每立方米空氣中含有≥0.5靘的粒子數(shù)應不得過3500個，空氣浮游菌的含量應不得超過5CFU/m3。

無菌操作區(qū)域內的100級潔凈區(qū)內的空氣在其使用點處應經過濾器過濾后呈單向流態(tài)（層流）輸送，流速應滿足空氣以活塞的方式吹除灌封區(qū)內的懸浮粒子的需要。

食品無塵無菌包裝是指將經過后已獲得商業(yè)無塵無菌狀態(tài)的產品，封閉在已的容器中，在無塵無菌環(huán)境下灌注，灌裝后包裝容器保持密封以防止再度感染，以期在不加防腐劑、不經冷藏條件下得到較長的貨架壽命的包裝方法。