以河湖生態(tài)修復(fù)總體框架為基礎(chǔ)，河湖生態(tài)修復(fù)的主要措施包括河湖生態(tài)空間保護(hù)修復(fù)、生態(tài)水量保障、水質(zhì)維護(hù)與改善、生物棲息地保護(hù)修復(fù)，以及配套開(kāi)展監(jiān)測(cè)與制度建設(shè)等5大領(lǐng)域。
1 河湖生態(tài)空間保護(hù)修復(fù)
生態(tài)空間是生態(tài)水文過(guò)程產(chǎn)生、維持的主要空間場(chǎng)所。保障正常的生態(tài)空間，是保證良性生態(tài)水文過(guò)程的關(guān)鍵。河湖生態(tài)空間保護(hù)修復(fù)在強(qiáng)化關(guān)鍵空間管控的基礎(chǔ)上，通過(guò)退田還湖還濕、河湖濱岸帶治理等措施，維系和改善生態(tài)空間。
（1）河湖生態(tài)空間管控。應(yīng)結(jié)合所在地方的的生態(tài)空間與生態(tài)保護(hù)紅線劃定總體安排，結(jié)合相關(guān)文件要求，圍繞河流、湖泊等水域岸線空間以及涵養(yǎng)水源和保持水土的陸域涉水生態(tài)空間，提出相應(yīng)的空間范圍，劃定水生態(tài)空間及其相應(yīng)的生態(tài)保護(hù)紅線，開(kāi)展相應(yīng)的管控。
（2）退田還湖還濕。侵占河湖水域岸線空間，將導(dǎo)致河道水生態(tài)空間被侵占和湖泊水面持續(xù)萎縮，生態(tài)系統(tǒng)服務(wù)功能?chē)?yán)重受損，影響區(qū)域防洪的河流、湖泊。針對(duì)圍湖造田、圍湖養(yǎng)殖、違章建筑、經(jīng)濟(jì)林等侵占方式，應(yīng)開(kāi)展退耕、退漁、退垸還湖還濕，以及因地制宜實(shí)施人口搬遷等相應(yīng)措施。
（3）河湖濱岸帶生態(tài)治理。圍繞河湖濱岸帶硬化、渠化、直化，影響水生態(tài)系統(tǒng)健康問(wèn)題，要以恢復(fù)空間異質(zhì)性為核心，開(kāi)展濱河（湖）植被緩沖帶建設(shè)和河湖內(nèi)外生態(tài)濕地建設(shè)等，以改善河流景觀格局。
2 生態(tài)水量保障
以保障生態(tài)用水需求、改善河湖水動(dòng)力條件、恢復(fù)生態(tài)水文過(guò)程為目標(biāo)，通過(guò)采取水源涵養(yǎng)與水土保持、生態(tài)補(bǔ)水、城鄉(xiāng)節(jié)水等措施，實(shí)現(xiàn)從源頭保水、過(guò)程調(diào)水到用戶節(jié)水全過(guò)程的生態(tài)需水保障。
（1）水源涵養(yǎng)與水土保持。以江河源頭區(qū)、生態(tài)脆弱區(qū)、重要水源涵養(yǎng)區(qū)等區(qū)域?yàn)橹攸c(diǎn)，結(jié)合區(qū)域自然條件，開(kāi)展以封育自然修復(fù)和人工林草建設(shè)相結(jié)合的保護(hù)措施。針對(duì)水土流失嚴(yán)重區(qū)，應(yīng)以小流域?yàn)閱卧?，開(kāi)展林草措施、耕作措施、工程措施相結(jié)合的水土保持措施。
（2）生態(tài)補(bǔ)水。重點(diǎn)針對(duì)天然來(lái)水減少情況顯著，并在實(shí)施強(qiáng)化節(jié)水情況下仍難以滿足河湖生態(tài)環(huán)境用水需求的區(qū)域，通過(guò)實(shí)施合理的生態(tài)調(diào)度，輔以必要的水系連通工程，實(shí)施河湖生態(tài)補(bǔ)水。
（3）城鄉(xiāng)節(jié)水。按照國(guó)家節(jié)水行動(dòng)、鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略等要求，從工業(yè)、農(nóng)業(yè)、城鎮(zhèn)生活等方面，開(kāi)展節(jié)水行動(dòng)。對(duì)于農(nóng)業(yè)節(jié)水，要在保障糧食的前提下，因地制宜開(kāi)展節(jié)水改造、種植結(jié)構(gòu)調(diào)整、退減灌溉面積等措施。
3 生物棲息地保護(hù)修復(fù)
按照構(gòu)建生態(tài)廊道、保護(hù)生物多樣性保護(hù)的總體要求，圍繞瀕危保護(hù)魚(yú)類(lèi)的產(chǎn)卵場(chǎng)、索餌場(chǎng)及越冬場(chǎng)等生物棲息地，以及受損重要生物棲息地，結(jié)合河湖濱岸帶治理，開(kāi)展棲息地生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)和河床底質(zhì)多樣性保護(hù)修復(fù)。棲息地生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)通過(guò)配置喬、灌、草相結(jié)合的植被群落，構(gòu)建寬度適宜的植被緩沖帶。河床底質(zhì)多樣性保護(hù)修復(fù)通過(guò)保持或恢復(fù)泥質(zhì)、石質(zhì)和沙質(zhì)等自然形態(tài)，營(yíng)造有利于水生植物生長(zhǎng)、底棲動(dòng)物和魚(yú)類(lèi)的覓食與繁殖的自然環(huán)境。
4 水質(zhì)改善與維護(hù)
按照實(shí)施流域環(huán)境綜合治理的總體要求，通過(guò)實(shí)施飲用水水源地保護(hù)、點(diǎn)源面源綜合治理和河湖內(nèi)源綜合治理等措施，加大對(duì)飲用水源地的保護(hù)，強(qiáng)化對(duì)受污染水體的防治，開(kāi)展對(duì)陸域污染源到河道內(nèi)源污染進(jìn)行全過(guò)程治理。
（1）飲用水水源地保護(hù)。對(duì)于未劃定保護(hù)區(qū)或已劃定保護(hù)區(qū)未采取隔離防護(hù)措施的飲用水水源地，應(yīng)按照飲用水水源地規(guī)范化建設(shè)要求，開(kāi)展水源地保護(hù)區(qū)劃定、隔離警示防護(hù)、污染源搬遷或取締、水源涵養(yǎng)和修復(fù)措施等措施。
（2）點(diǎn)源和面源綜合治理。對(duì)于水質(zhì)較差的河湖，應(yīng)結(jié)合各地水污染防治行動(dòng)計(jì)劃、生態(tài)環(huán)境保護(hù)規(guī)劃等要求，開(kāi)展點(diǎn)源、面源治理。對(duì)于富營(yíng)養(yǎng)化問(wèn)題突出，面源污染較為嚴(yán)重的湖泊，應(yīng)結(jié)合污染物攔截凈化措施，加強(qiáng)農(nóng)村農(nóng)業(yè)面源污染治理。
（3）河湖內(nèi)源綜合治理。針對(duì)內(nèi)源污染嚴(yán)重的湖泊（河流），應(yīng)實(shí)施湖泊（河流）生態(tài)清淤工程、湖泊生態(tài)凈化、船舶污染控制等措施。針對(duì)圍網(wǎng)養(yǎng)殖污染嚴(yán)重的湖泊，應(yīng)實(shí)施圍網(wǎng)養(yǎng)殖清理、生態(tài)綠色養(yǎng)殖等措施。
5 監(jiān)測(cè)與制度建設(shè)
圍繞推進(jìn)生態(tài)環(huán)境監(jiān)管體制建設(shè)的總體部署，以水生態(tài)可持續(xù)健康發(fā)展為目標(biāo)，通過(guò)對(duì)河湖管理制度、水生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償、河湖生態(tài)監(jiān)測(cè)能力等方面的建設(shè)，建立健全重點(diǎn)區(qū)域水生態(tài)保護(hù)和修復(fù)的長(zhǎng)效管理體制機(jī)制。
（1）河湖管理制度建設(shè)。從落實(shí)嚴(yán)格水資源管理制度、河長(zhǎng)制湖長(zhǎng)制、水流產(chǎn)權(quán)確權(quán)、水域空間用途管制、河流湖泊休養(yǎng)生息制度、責(zé)任考核機(jī)制等方面，制定有關(guān)河流管理制度建設(shè)措施。
（2）水流生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償機(jī)制建設(shè)。重點(diǎn)針對(duì)水生態(tài)空間占用補(bǔ)償、飲用水水源地保護(hù)補(bǔ)償、水源涵養(yǎng)區(qū)保護(hù)補(bǔ)償?shù)葯C(jī)制建設(shè)，結(jié)合流域?qū)嶋H情況，圍繞市場(chǎng)化、多元化方向，重點(diǎn)推進(jìn)流域上下游橫向補(bǔ)償機(jī)制建設(shè)。
（3）監(jiān)控能力建設(shè)。按照構(gòu)建完善水資源、水生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)預(yù)警能力的要求，從完善現(xiàn)有用水計(jì)量、完善水文及水生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)站網(wǎng)布局，提升監(jiān)測(cè)自動(dòng)化水平等方面，加強(qiáng)有關(guān)監(jiān)控能力建設(shè)任務(wù)。