無(wú)菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨(dú)立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實(shí)驗(yàn)室內(nèi)，可以用板材和玻璃建造。無(wú)菌室外要設(shè)一個(gè)緩沖間，錯(cuò)開門向，以免氣流帶進(jìn)雜菌。無(wú)菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無(wú)菌環(huán)境和無(wú)菌材料后，只有保持無(wú)菌狀態(tài)，才能對(duì)某種特定的已知微生物進(jìn)行研究。

無(wú)菌室應(yīng)定期用適宜的液清潔，以保證無(wú)菌室的潔凈度符合要求。

需要帶入無(wú)菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應(yīng)包扎嚴(yán)密，并應(yīng)經(jīng)過適宜的方法。

工作人員進(jìn)入無(wú)菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進(jìn)入無(wú)菌室進(jìn)行操作。

無(wú)菌室使用前必須打開無(wú)菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時(shí)打開超凈臺(tái)進(jìn)行吹風(fēng)。操作完畢，應(yīng)及時(shí)清理無(wú)菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。

供試品在檢查前，應(yīng)保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。

每次操作過程中，均應(yīng)做陰性對(duì)照，以檢查無(wú)菌操作的可靠性。

當(dāng)前無(wú)菌室多存在于微生物工廠，一般實(shí)驗(yàn)室則使用超凈臺(tái)。超凈臺(tái)其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺(tái)面上部包括微生物在內(nèi)的各種微小塵埃。通過電動(dòng)裝置使空氣通過過濾器具后進(jìn)入工作臺(tái)面，使臺(tái)面始終保持在流動(dòng)無(wú)菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動(dòng)的氣簾防止外部帶菌空氣進(jìn)入。