制膠時(shí)在凝膠溶液中放一個(gè)塑料梳子，在膠聚合后移去，形成上樣品的凹槽。水平式電泳，凝膠鋪在水平的玻璃或塑料板上，用一薄層濕濾紙連接凝膠和電泳緩沖液，或?qū)⒛z直接浸入緩沖液中。由于pH值的改變會(huì)引起帶電分子電荷的改變，進(jìn)而影響其電泳遷移的速度，所以電泳過程應(yīng)在適當(dāng)?shù)木彌_液中進(jìn)行的，緩沖液可以保持待分離物的帶電性質(zhì)的穩(wěn)定。

聚丙烯酰胺凝膠電泳可用做蛋白質(zhì)純度的鑒定.聚丙烯酰胺凝膠電泳同時(shí)具有電荷效應(yīng)和分子篩效應(yīng)，可以將分子大小相同而帶不同數(shù)量電荷的物質(zhì)分離開，并且還可以將帶相同數(shù)量電荷而分子大小不同的物質(zhì)分離開。其分辨率遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于一般層析方法和電泳方法，可以檢出10-9～10-12g的樣品，且重復(fù)性好，沒有電滲作用.

SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳可測(cè)定蛋白質(zhì)分子量.其原理是帶大量電荷的SDS結(jié)合到蛋白質(zhì)分子上克服了蛋白質(zhì)分子原有電荷的影響而得到恒定的荷/質(zhì)比。SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳測(cè)蛋白質(zhì)分子量已經(jīng)比較成功，此法測(cè)定時(shí)間短，分辨率高，所需樣品量極少（1～100μg），但只適用于球形或基本上呈球形的蛋白質(zhì)，某些蛋白質(zhì)不易與SDS結(jié)合如木瓜蛋白酶，核糖核酸酶等，此時(shí)測(cè)定結(jié)果就不準(zhǔn)確.

“拖尾”現(xiàn)象是電泳中常見的現(xiàn)象。這常常是由于樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩沖液和凝膠緩沖液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。

“紋理”現(xiàn)象常常是由于樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。