三格式化糞池由三個相互連接的密封化糞池組成，糞便從一個化糞池向下游通過糞便進(jìn)水管進(jìn)入流向第三個化糞池。每個儲罐的一個原則是：

頂池：先攔截含卵較多的糞便，糞便發(fā)酵分化，疏松的糞塊因發(fā)酵膨脹而上升，下沉更重，形成浮糞皮、中糞液、下沉糞渣。利用寄生蟲比重大于糞便和尿液混合物比重的原理，使寄生蟲自然沉降在化糞池底部。糞肥液的浸泡和翻轉(zhuǎn)用于溶解糞肥塊，將其液化，并將糞肥殘渣保留在池塘底部。厭氧發(fā)酵：化糞池封閉的厭氧環(huán)境，可以分化蛋白質(zhì)有機(jī)物，產(chǎn)生氨等物質(zhì)，可以殺死寄生蟲卵和病菌。

第二個池塘起著進(jìn)一步發(fā)酵和沉淀的作用。與一池相比，第二池的糞皮和糞渣數(shù)量減少，因此發(fā)酵分化程度較低。由于沒有新的糞肥進(jìn)入，糞肥液處于相對靜止的狀態(tài)，有利于糞肥池中漂浮的卵不斷下沉。

第三池：起儲存糞肥的首要作用。前二格處理的糞液三塘進(jìn)入基本無寄生蟲卵和病原微生物，符合糞便無害化要求，可用于農(nóng)田直接施肥。