初的支持介質(zhì)是濾紙和醋酸纖維素膜，目前這些介質(zhì)在實驗室已經(jīng)應(yīng)用得較少。在很長一段時間里，小分子物質(zhì)如氨基酸、多肽、糖等通常用濾紙或纖維素、硅膠薄層平板為介質(zhì)的電泳進行分離、分析，但目前則一般使用更靈敏的技術(shù)如HPLC等來進行分析。這些介質(zhì)適合于分離小分子物質(zhì)，操作簡單、方便。但對于復(fù)雜的生物大分子則分離效果較差。

凝膠作為支持介質(zhì)的引入大大促進了電泳技術(shù)的發(fā)展，使電泳技術(shù)成為分析蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的重要手段之一。初使用的凝膠是淀粉凝膠，但目前使用得多的是瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠。蛋白質(zhì)電泳主要使用聚丙烯酰胺凝膠。

“拖尾”現(xiàn)象是電泳中常見的現(xiàn)象。這常常是由于樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩沖液和凝膠緩沖液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。 “紋理”現(xiàn)象常常是由于樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。

選擇合適的凝膠濃度，使組分得以充分的分離。通?？拷把氐牡鞍讕Х直媛什患眩詰?yīng)根據(jù)分子量與凝膠孔徑的關(guān)系，灌制足夠長度的凝膠，以使樣品不會走出前沿。樣品的蛋白水解作用也引起擴散而使分辨率降低。水解作用通常發(fā)生在樣品準備的時候，系統(tǒng)中的內(nèi)源性蛋白酶會水解樣品蛋白，如果在緩沖液中加蛋白酶抑制劑可以減少這種情況的發(fā)生。