選擇合適的凝膠濃度，使組分得以充分的分離。通?？拷把氐牡鞍讕Х直媛什患?，所以應(yīng)根據(jù)分子量與凝膠孔徑的關(guān)系，灌制足夠長度的凝膠，以使樣品不會走出前沿。樣品的蛋白水解作用也引起擴散而使分辨率降低。水解作用通常發(fā)生在樣品準(zhǔn)備的時候，系統(tǒng)中的內(nèi)源性蛋白酶會水解樣品蛋白，如果在緩沖液中加蛋白酶抑制劑可以減少這種情況的發(fā)生。

指示劑前沿呈現(xiàn)兩邊向上或向下的現(xiàn)象。向上的“微笑”現(xiàn)象說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，所以導(dǎo)致凝膠中分子有不同的遷移率所致。這種情況在用較厚的凝膠以及垂直電泳中時常發(fā)生。向下的“皺眉”現(xiàn)象常常是由于垂直電泳時電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當(dāng)凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全便會產(chǎn)生這種現(xiàn)象。

電泳槽中間是夾在一起的兩塊玻璃板，玻璃板兩邊由塑料條隔開，在玻璃平板中間制備電泳凝膠，凝膠的大小通常是12cm ′ 14 cm，厚度為1mm～2 mm，近年來新研制的電泳槽，膠面更小、更薄，以節(jié)省試劑和縮短電泳時間。

凝膠作為支持介質(zhì)的引入大大促進了電泳技術(shù)的發(fā)展，使電泳技術(shù)成為分析蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的重要手段之一。初使用的凝膠是淀粉凝膠，但目前使用得多的是瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠。蛋白質(zhì)電泳主要使用聚丙烯酰胺凝膠。