“拖尾”現(xiàn)象是電泳中常見的現(xiàn)象。這常常是由于樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩沖液和凝膠緩沖液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。 “紋理”現(xiàn)象常常是由于樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。

聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于蛋白質定量。電泳后的凝膠經(jīng)凝膠掃描儀掃描，從而給出定量的結果.凝膠掃描儀主要用于對樣品單向電泳后的區(qū)帶和雙向電泳后的斑點進行掃描。 瓊脂或瓊脂糖凝膠免疫電泳可用于①檢查蛋白質制劑的純度；②分析蛋白質混合物的組分；③研究抗血清制劑中是否具有抗某種已知抗原的抗體；④檢驗兩種抗原是否相同.

電泳槽中間是夾在一起的兩塊玻璃板，玻璃板兩邊由塑料條隔開，在玻璃平板中間制備電泳凝膠，凝膠的大小通常是12cm ′ 14 cm，厚度為1mm～2 mm，近年來新研制的電泳槽，膠面更小、更薄，以節(jié)省試劑和縮短電泳時間。

初的支持介質是濾紙和醋酸纖維素膜，目前這些介質在實驗室已經(jīng)應用得較少。在很長一段時間里，小分子物質如氨基酸、多肽、糖等通常用濾紙或纖維素、硅膠薄層平板為介質的電泳進行分離、分析，但目前則一般使用更靈敏的技術如HPLC等來進行分析。這些介質適合于分離小分子物質，操作簡單、方便。但對于復雜的生物大分子則分離效果較差。