為了保證稅款及時、均衡入庫，在實際工作中，一般采取分月、分季預(yù)繳稅款，年終匯算清繳，多退少補的征收辦法。分月、分季預(yù)繳，一般按納稅人本季度 (月) 的課稅依據(jù)計算應(yīng)納稅款，與全年決算的課稅依據(jù)往往很難完全一致，所以在年度終了后，必須依據(jù)納稅人的財務(wù)決算進(jìn)行匯總計算，清繳稅款，對已預(yù)交的稅款實行多退少補。

納稅人辦理年度匯算補稅的，可以通過網(wǎng)上銀行、辦稅服務(wù)廳POS機刷卡、銀行柜臺、非銀行支付機構(gòu)等方式繳納。郵寄申報并補稅的，納稅人需通過網(wǎng)上稅務(wù)局或者主管稅務(wù)機關(guān)辦稅服務(wù)廳及時關(guān)注申報進(jìn)度并繳納稅款。

納稅人因申報信息填寫錯誤造成年度匯算多退或少繳稅款的，納稅人主動或經(jīng)稅務(wù)機關(guān)提醒后及時改正的，稅務(wù)機關(guān)可以按照“首違不罰”原則免予處罰。

原內(nèi)資企業(yè)所得稅制度規(guī)定，企業(yè)應(yīng)在年度終了四個月內(nèi)匯算清繳。而原外資企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)應(yīng)在年度終了五個月內(nèi)匯算清繳。

新《企業(yè)所得稅法》將內(nèi)外資企業(yè)所得稅年度匯算清繳的期限作了統(tǒng)一規(guī)定，企業(yè)應(yīng)當(dāng)自年度終了之日起五個月內(nèi)，向稅務(wù)機關(guān)報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表，并進(jìn)行匯算清繳，確定全年應(yīng)納所得稅稅額，結(jié)清稅款。

匯算清繳是指納稅人在納稅年度終了后規(guī)定時期內(nèi)，依照稅收法律、法規(guī)、規(guī)章及其他有關(guān)企業(yè)所得稅的規(guī)定，自行計算全年應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，根據(jù)月度或季度預(yù)繳的所得稅數(shù)額，確定該年度應(yīng)補或者應(yīng)退稅額，并填寫年度企業(yè)所得稅納稅申報表，向主管稅務(wù)機關(guān)辦理年度企業(yè)所得稅納稅申報、提供稅務(wù)機關(guān)要求提供的有關(guān)資料、結(jié)清全年企業(yè)所得稅稅款的行為。