高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請(qǐng)工作概括起來(lái)大致分為四部分：明晰規(guī)定，熟悉程序，完善材料，網(wǎng)上操作。其中明晰規(guī)定是指申請(qǐng)企業(yè)應(yīng)當(dāng)認(rèn)真研讀《認(rèn)定辦法》、《工作指引》，結(jié)合自身情況認(rèn)真加以對(duì)照，作出是否符合要求或努力方向的準(zhǔn)確判斷。熟悉程序是指申請(qǐng)企業(yè)對(duì)高新技術(shù)企業(yè)的認(rèn)定與享受稅收優(yōu)惠的程序要清楚明了，不走彎路。完善材料是指申請(qǐng)企業(yè)在認(rèn)為自己符合認(rèn)定要求后，要對(duì)申請(qǐng)材料進(jìn)行認(rèn)真準(zhǔn)備，力求完美。網(wǎng)上操作是指高新技術(shù)企業(yè)的認(rèn)定工作已有改變，不再是層級(jí)上報(bào)材料，而是直接在網(wǎng)上申請(qǐng)和提交材料。

高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定程序有五個(gè)環(huán)節(jié)，包括自我評(píng)價(jià)、注冊(cè)登記、準(zhǔn)備并提交材料、組織審查與認(rèn)定、公示及頒發(fā)證書。申請(qǐng)企業(yè)要完成的是前三項(xiàng)，其中材料準(zhǔn)備是重要的一項(xiàng)工作。《工作指引》二(3)列舉了需要提交的材料種類，包括認(rèn)定申請(qǐng)書，兩個(gè)鑒證報(bào)告(近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用鑒證報(bào)告、近三個(gè)會(huì)計(jì)年度的財(cái)務(wù)報(bào)表鑒證報(bào)告含資產(chǎn)負(fù)債表、利潤(rùn)及利潤(rùn)分配表、現(xiàn)金流量表)(實(shí)際年限不足三年的按實(shí)際經(jīng)營(yíng)年限)，一個(gè)審計(jì)報(bào)告(近一個(gè)會(huì)計(jì)年度高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告)，以及技術(shù)創(chuàng)新活動(dòng)證明材料。

根據(jù)《工作指引》規(guī)定，企業(yè)申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)的認(rèn)定申請(qǐng)書由《企業(yè)基本信息表》、《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目表》、《上年度高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))情況表》、《近三年內(nèi)獲得自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)匯總表》、《企業(yè)年度研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表》五種表格組成，在填表時(shí)要注意所有的財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)都來(lái)自專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告，要和鑒證報(bào)告、審計(jì)報(bào)告完全一致。其中《企業(yè)基本信息表》中“近三年內(nèi)獲得的自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)數(shù)”一欄所填內(nèi)容，應(yīng)與技術(shù)創(chuàng)新活動(dòng)證明材料一一對(duì)應(yīng)并完全吻合;“人力資源情況”欄要注意兩個(gè)比例要求，即大專以上學(xué)歷的科技人員要占(申請(qǐng))當(dāng)年職工總數(shù)30%以上，研發(fā)人員占職工人數(shù)10%以上;