申報明細表與年度財務(wù)報表相關(guān)聯(lián)，是指企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細表的相關(guān)數(shù)據(jù)包含在已審計的年度財務(wù)報表中，兩者適用的會計準則或會計制度是一致的，在相關(guān)會計政策、會計估計方面不存在差異。

要求針對研究開發(fā)項目和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))了解申報企業(yè)及其環(huán)境，比如，了解申報企業(yè)產(chǎn)品(服務(wù))的技術(shù)變化，了解申報企業(yè)研究開發(fā)部門的設(shè)置和分布，以及是否存在專門的機構(gòu)和人員從事研究開發(fā)活動，了解申報企業(yè)為從事研究開發(fā)活動而進行的固定資產(chǎn)投入以及為這些投入而使用的資金的來源，了解申報企業(yè)是否確立了創(chuàng)建科技創(chuàng)新型企業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略，了解申報企業(yè)是否將高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入作為主要的業(yè)績考核指標。

要求識別和評估申報明細表層次以及各類交易、列報認定層次的重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細表整體上就可能存在重大錯報風險。申報明細表層次重大錯報風險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計機構(gòu)委托業(yè)務(wù)(基于對審計機構(gòu)業(yè)務(wù)資質(zhì)、服務(wù)團隊、客戶口碑的充分了解)；

2.審計代理公司與申請公司進行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計目的和范圍，再由審計公司對申請企業(yè)的審計風險進行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計服務(wù)協(xié)議，明確審計費用、雙方的權(quán)利和責任，并進行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計代理公司應(yīng)當成立專門的項目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術(shù)企業(yè)專項審計所需材料清單；

5.申請人應(yīng)根據(jù)資料清單準備相關(guān)審核材料；

6.審計代理公司審計工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術(shù)企業(yè)具體審計工作方案，為審計工作的實施打下良好基礎(chǔ)；

7.與被審計企業(yè)確定現(xiàn)場審計時間并出具審計通知書；

8.審核員進入現(xiàn)場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進行詳細記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計工作底稿，并在此基礎(chǔ)上形成初步意見；

10.與被審計企業(yè)交換審計意見；

11.在雙方一致同意的基礎(chǔ)上，為高新技術(shù)企業(yè)出具專項審計報告。