高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費(fèi)用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ?xiàng)審計(jì)指引》強(qiáng)調(diào)研究開發(fā)費(fèi)用控制通常屬于申報(bào)企業(yè)費(fèi)用和成本控制的重要組成部分，要求注冊(cè)會(huì)計(jì)師在對(duì)研究開發(fā)費(fèi)用控制進(jìn)行了解時(shí)，需要考慮那些影響研究開發(fā)費(fèi)用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點(diǎn)。同時(shí)，《專項(xiàng)審計(jì)指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?dòng)，如立項(xiàng)和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項(xiàng)管理等。

1.申請(qǐng)企業(yè)自主選擇第三方審計(jì)機(jī)構(gòu)委托業(yè)務(wù)(基于對(duì)審計(jì)機(jī)構(gòu)業(yè)務(wù)資質(zhì)、服務(wù)團(tuán)隊(duì)、客戶口碑的充分了解)；

2.審計(jì)代理公司與申請(qǐng)公司進(jìn)行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計(jì)目的和范圍，再由審計(jì)公司對(duì)申請(qǐng)企業(yè)的審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行專業(yè)評(píng)估；

3.評(píng)估通過后，雙方簽訂正式的審計(jì)服務(wù)協(xié)議，明確審計(jì)費(fèi)用、雙方的權(quán)利和責(zé)任，并進(jìn)行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計(jì)代理公司應(yīng)當(dāng)成立專門的項(xiàng)目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)所需材料清單；

5.申請(qǐng)人應(yīng)根據(jù)資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審核材料；

6.審計(jì)代理公司審計(jì)工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術(shù)企業(yè)具體審計(jì)工作方案，為審計(jì)工作的實(shí)施打下良好基礎(chǔ)；

7.與被審計(jì)企業(yè)確定現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)時(shí)間并出具審計(jì)通知書；

8.審核員進(jìn)入現(xiàn)場(chǎng)，審核企業(yè)提供的審核資料，對(duì)期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進(jìn)行詳細(xì)記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計(jì)工作底稿，并在此基礎(chǔ)上形成初步意見；

10.與被審計(jì)企業(yè)交換審計(jì)意見；

11.在雙方一致同意的基礎(chǔ)上，為高新技術(shù)企業(yè)出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。

高新審計(jì)依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，企業(yè)申請(qǐng)高新認(rèn)定，需要對(duì)近三年的財(cái)務(wù)狀況、研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告和年度審計(jì)報(bào)告。

會(huì)計(jì)師會(huì)結(jié)合企業(yè)情況，給出一份準(zhǔn)備材料的清單。主要是企業(yè)的資產(chǎn)負(fù)債表、損益表、總賬、明細(xì)賬、科目余額表(到末級(jí)科目)、財(cái)務(wù)憑證、公司的執(zhí)照、章程等等。