注冊會計師對企業(yè)進行獨立審計，首先要對企業(yè)遵守制度情況進行符合性測試，并對企業(yè)的內(nèi)部控制制度進行評價。一方面對企業(yè)的內(nèi)控制度是否遵守一貫性原則發(fā)表意見；另一方面判斷企業(yè)的財務(wù)報告是否在所有重大方面公允地反映了企業(yè)的財務(wù)狀況、經(jīng)營成果和資金變動情況。從而確定抽樣審計的范圍、樣本數(shù)量和審計重點。注冊會計師在這個審計階段，實質(zhì)上是對企業(yè)依據(jù)內(nèi)控制度所進行的經(jīng)營活動和實施管理行為的合法性進行評價裁定，從而使企業(yè)行為得到規(guī)范，并步入良性發(fā)展的道路。因此，在國際上也把注冊會計師稱作“經(jīng)濟裁判”。

注冊會計師對企業(yè)進行符合性測試之后，要對反映企業(yè)財務(wù)狀況和經(jīng)營成果的有關(guān)資料進行實質(zhì)性測試和鑒定。一方面對企業(yè)資產(chǎn)負債的質(zhì)和量進行檢查核實，從而確定企業(yè)的真正規(guī)模、實力和資信狀況；另一方面，對企業(yè)收入費用的合法性、真實性進行確認，從而核準(zhǔn)企業(yè)利潤，確定其應(yīng)納稅額。尤其是上市公司在發(fā)行股票時，證券管理部門依據(jù)注冊會計師審核鑒證的企業(yè)資產(chǎn)、利潤、每股收益、每股凈資產(chǎn)等財務(wù)指標(biāo)，確定是否批準(zhǔn)其發(fā)行上市。在上市運作以后，投資人依據(jù)注冊會計師審核鑒證的企業(yè)經(jīng)營成果，決定投資額的增減和利潤的分配。由于注冊會計師審核鑒證的企業(yè)財務(wù)狀況和經(jīng)營成果具有法律效力，因此，在國外也會把會計師事務(wù)所稱作“經(jīng)濟法庭”。

在實踐中，注冊會計師對企業(yè)依法審計作出的審計結(jié)論直接影響著股東的信心，決定著股票的價格、公司的興衰和經(jīng)營者的命運。雖然會計師事務(wù)所的收入來自被審企業(yè)，由經(jīng)營者決定，但它的生存與發(fā)展主要受制于能否依法執(zhí)業(yè)。面對投資人與經(jīng)營者、法與利的矛盾沖突，會計中介機構(gòu)往往選擇客觀公正地反映企業(yè)的真實情況，并根據(jù)情況出具不同意見的審計報告，做到對國家、企業(yè)和投資人負責(zé)。因此，注冊會計師常常被人們稱為“經(jīng)濟衛(wèi)士”。

當(dāng)今會計師事務(wù)所對資本流動已從間接引導(dǎo)過渡到直接引導(dǎo)，”五大”的融資代理業(yè)務(wù)發(fā)展迅速，已顯示出其他中介組織不可比擬的優(yōu)勢。這表明會計師事務(wù)所已經(jīng)突破了傳統(tǒng)的業(yè)務(wù)，職能作用在不斷擴大。中國會計師事務(wù)所也要在資本供應(yīng)者和資本需要者之間充當(dāng)信息中介，把資本引向優(yōu)勢產(chǎn)業(yè)，使資本的所有者大限度地避免風(fēng)險，實現(xiàn)資本盈利性和安 全性的統(tǒng)一。