履約保證金的結算包括返還、抵扣或沒收等問題。一般來說，履約保證金在中標人履行合同后應予返還，但實踐中，招標人與中標人通常會約定根據(jù)工程進展程度分階段返還或在工程竣工后一次性返還，有的還規(guī)定以抵扣或沒收履約保證金作為承擔違約責任的方式之一。筆者認為，合同和法律沒有規(guī)定的，不得抵扣或沒收。對于抵扣或沒收情形應限制在施工單位在施工工期、質量或者等違反合同約定應承擔違約責任等范圍內。在當事人既約定了履約保證金又約定違約責任條款的情況下，依照合同法百一十六條規(guī)定：“當事人既約定違約金，又約定定金的，一方違約時，雙方可以選擇適用違約金或者定金條款?！币约鞍倭闫邨l的規(guī)定：“當事人一方不履行合同義務或者履行合同義務不符合約定的，應當承擔繼續(xù)履行、采取補救措施或者賠償損失等違約責任?！甭募s保證金作為中標人承擔違約責任的擔保，如果中標人沒有及時承擔違約責任，履約保證金可作為招標人損失的彌補；如果中標人承擔了相關責任，則招標人應在合同責任解除后退還全部的履約保證金。

與質押的區(qū)別。質押，是指債務人或者第三人將其財產(chǎn)移交債權人占有作為債權的擔保。債務人到期不履行債務時，債權人有權就質押財產(chǎn)優(yōu)先受償。根據(jù)物權法第二百零八條規(guī)定：“債務人或者第三人將其金錢以特戶、封金、保證金等形式特定化后，移交債權人占有作為債權的擔保，債務人不履行債務時，債權人可以以該金錢優(yōu)先受償?！必泿抛鳛樘厥鈩赢a(chǎn)，在從種類物向特定物轉化后也可以進行質押。設立履約保證金制度的目的是用以督促擔保中標人完全履約，不論履約保證金標的物為現(xiàn)金貨幣，還是其他財產(chǎn)性標的物或可轉讓的權利，招標人對其均具有排他性的優(yōu)先受償權，因此，除前述特定可視為定金的情形外，履約保證金的實質應歸為質押擔保。

公司保函就是擔保公司開的保證書，即擔保公司保函，又稱為商業(yè)保函。

擔保公司保函和銀行保函具有相同的法律效力，且擔保公司保函具有費用低，格式靈活，付款方式靈活，辦理周期短等優(yōu)點。采用擔保公司保函代替銀行保函能降低成本，節(jié)約時間。

工程擔保公司出具的投標保函，履約保函，預付款保函，質量保函，農(nóng)民工工資支付保函，即為商業(yè)保函。

商業(yè)投標保函：僅需招標文件電子版，和營業(yè)執(zhí)照掃描件，僅收擔保費，免保證金，出函時間1天。

履約保函相對于履約保證金的優(yōu)點要從兩個方面來看：

對承包方而言，減少由于繳納現(xiàn)金保證金引起的長時間資金占用，獲得資金收益，優(yōu)化資金配置，且能更好地維護自身權益；

對業(yè)主方而言，能合理制約承包方行為，維護自身利益，也避免了收取、退回保證金程序的煩瑣，提高工作效率。