在醫(yī)療實踐的同時，曾學(xué)軍教授致力于臨床醫(yī)學(xué)教育，任美國內(nèi)科醫(yī)師學(xué)會（ACP）Fellow、美國醫(yī)學(xué)研究所（IOM）中國醫(yī)學(xué)教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫(yī)師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教學(xué)名師等榮譽，帶領(lǐng)普通內(nèi)科獲得2015年北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教學(xué)團隊稱號。2019年2月入選十大社區(qū)健康促進首 席專家。

北京協(xié)和醫(yī)院風(fēng)濕免疫科從建科時僅有3張病床的小科室發(fā)展到今天，協(xié)和風(fēng)濕免疫科已擁有68張病床，年收治患者1500例次以上，年門診量逾12萬人次，不僅注重系統(tǒng)性紅斑狼瘡、干燥綜合征、類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎、強直性脊柱炎等常見風(fēng)濕性疾病的規(guī)范診治，更強調(diào)對少見風(fēng)濕性疾病、風(fēng)濕性疾病重要臟器損害以及風(fēng)濕性疾病嚴(yán)重并發(fā)癥的綜合診治，追求更精 確的診斷、更細(xì)致的評估、更有效的治 療效果。

2020年8月，北京協(xié)和醫(yī)院風(fēng)濕免疫科實驗室完成了靶抗原特異性標(biāo)志物的全部項目方法學(xué)升級，由傳統(tǒng)手工、批量操作、定性檢測的酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA）升級為全自動、實時進樣、高通量、定時檢測的化學(xué)發(fā)光檢測方法，可檢測自身抗體60余種。這也是國內(nèi)三甲醫(yī)院第 一條專門用于自身抗體檢測的全自動流水線，日運行通量可達1.5萬次。報告時間縮短到0.5至1個工作日，為患者的精 準(zhǔn)診斷提供了重要支撐。

重視科研是協(xié)和風(fēng)濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應(yīng)用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學(xué)技術(shù)獎、中華醫(yī)學(xué)科技獎、華夏醫(yī)學(xué)科技獎等省部級獎項共計13項。