曾學(xué)軍教授在多項(xiàng)首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開(kāi)展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機(jī)構(gòu)合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國(guó)家公共衛(wèi)生規(guī)范項(xiàng)目之一，并于2015年成為國(guó)家推薦標(biāo)準(zhǔn)。

曾學(xué)軍教授參與了國(guó)內(nèi)目前所有關(guān)于痛風(fēng)和高尿酸血癥指南的制定工作， 2013 年?duì)款^制定了《高尿酸血癥社區(qū)管理規(guī)范草案》，2018年11月在中華全科醫(yī)師雜志上發(fā)表修訂版《高尿酸血癥社區(qū)管理流程的專(zhuān)家建議》，2020年4月再次牽頭制定《痛風(fēng)及高尿酸血癥基層診療指南》。

近年來(lái)，得益于國(guó)家對(duì)風(fēng)濕免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撐計(jì)劃/863項(xiàng)目、自身免疫性疾病新藥臨床評(píng)價(jià)研究技術(shù)平臺(tái)科技重大專(zhuān)項(xiàng)、衛(wèi)計(jì)委行業(yè)科研專(zhuān)項(xiàng)等支持下，以北京協(xié)和醫(yī)院牽頭，聯(lián)合全國(guó)近800家風(fēng)濕病診治中心，已初步形成系統(tǒng)性紅斑狼瘡研究協(xié)作組（CSTAR）和國(guó)家風(fēng)濕病數(shù)據(jù)中心（CRDC）的研究網(wǎng)絡(luò)，成為國(guó)內(nèi)的風(fēng)濕病研究協(xié)作組織，創(chuàng)建了中國(guó)風(fēng)濕病信息數(shù)據(jù)庫(kù)、生物樣本庫(kù)（CRIP）和規(guī)范化培訓(xùn)和多學(xué)科交流平臺(tái)（CREP），啟動(dòng)了中國(guó)風(fēng)濕病學(xué)界的多中心協(xié)作研究，發(fā)布了中國(guó)風(fēng)濕病學(xué)界的規(guī)范化診治共識(shí)。

重視科研是協(xié)和風(fēng)濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國(guó)進(jìn)行自身抗體檢測(cè)的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應(yīng)用研究”獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；近年來(lái)，獲北京市科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)、中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)、華夏醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)等省部級(jí)獎(jiǎng)項(xiàng)共計(jì)13項(xiàng)。