曾學(xué)軍教授在多項(xiàng)首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開(kāi)展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機(jī)構(gòu)合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國(guó)家公共衛(wèi)生規(guī)范項(xiàng)目之一，并于2015年成為國(guó)家推薦標(biāo)準(zhǔn)。

曾學(xué)軍教授參與了國(guó)內(nèi)目前所有關(guān)于痛風(fēng)和高尿酸血癥指南的制定工作， 2013 年?duì)款^制定了《高尿酸血癥社區(qū)管理規(guī)范草案》，2018年11月在中華全科醫(yī)師雜志上發(fā)表修訂版《高尿酸血癥社區(qū)管理流程的專(zhuān)家建議》，2020年4月再次牽頭制定《痛風(fēng)及高尿酸血癥基層診療指南》。

2020年8月，北京協(xié)和醫(yī)院風(fēng)濕免疫科實(shí)驗(yàn)室完成了靶抗原特異性標(biāo)志物的全部項(xiàng)目方法學(xué)升級(jí)，由傳統(tǒng)手工、批量操作、定性檢測(cè)的酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定（ELISA）升級(jí)為全自動(dòng)、實(shí)時(shí)進(jìn)樣、高通量、定時(shí)檢測(cè)的化學(xué)發(fā)光檢測(cè)方法，可檢測(cè)自身抗體60余種。這也是國(guó)內(nèi)三甲醫(yī)院第 一條專(zhuān)門(mén)用于自身抗體檢測(cè)的全自動(dòng)流水線，日運(yùn)行通量可達(dá)1.5萬(wàn)次。報(bào)告時(shí)間縮短到0.5至1個(gè)工作日，為患者的精 準(zhǔn)診斷提供了重要支撐。

重視科研是協(xié)和風(fēng)濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國(guó)進(jìn)行自身抗體檢測(cè)的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應(yīng)用研究”獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；近年來(lái)，獲北京市科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)、中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)、華夏醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)等省部級(jí)獎(jiǎng)項(xiàng)共計(jì)13項(xiàng)。