曾學(xué)軍教授在多項(xiàng)首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開(kāi)展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機(jī)構(gòu)合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國(guó)家公共衛(wèi)生規(guī)范項(xiàng)目之一，并于2015年成為國(guó)家推薦標(biāo)準(zhǔn)。

北京協(xié)和醫(yī)院風(fēng)濕免疫科為了促進(jìn)中國(guó)風(fēng)濕病的普及與提高，自建科以來(lái)，堅(jiān)持每年舉辦形式多樣的風(fēng)濕病學(xué)講習(xí)班和學(xué)術(shù)會(huì)議，編著多部風(fēng)濕病學(xué)專(zhuān)著，同時(shí)結(jié)合風(fēng)濕病學(xué)臨床的需要開(kāi)展科學(xué)研究，取得了極大的成績(jī)，是國(guó)家教委風(fēng)濕病學(xué)博士學(xué)位授予點(diǎn)、風(fēng)濕免疫內(nèi)科博士后流動(dòng)站、國(guó)家教委風(fēng)濕病學(xué)重點(diǎn)學(xué)科單位、衛(wèi)生部住院醫(yī)師培訓(xùn)基地、風(fēng)濕免疫科專(zhuān)科繼續(xù)教育基地、風(fēng)濕臨床試驗(yàn)基地、教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，風(fēng)濕病學(xué)博士生/博士后培養(yǎng)單位，為全國(guó)培養(yǎng)了大量風(fēng)濕病學(xué)的專(zhuān)業(yè)人才。

北京協(xié)和醫(yī)院風(fēng)濕免疫科科室承擔(dān)或參與完成了數(shù)十項(xiàng)國(guó)家和部委的科研課題，主持和參與眾多國(guó)際、國(guó)內(nèi)多中心臨床研究以及高質(zhì)量單中心臨床研究，發(fā)表數(shù)百篇SCI收錄論文，主持制定多項(xiàng)風(fēng)濕免疫病領(lǐng)域臨床診斷和指南，先后獲得12項(xiàng)國(guó)家及省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)，包括3項(xiàng)國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)，出版學(xué)術(shù)專(zhuān)著多部。為開(kāi)展具有管理科學(xué)、規(guī)范的、符合國(guó)際一 流水平的全國(guó)大規(guī)模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

重視科研是協(xié)和風(fēng)濕免疫科的傳統(tǒng)。科室1979年起就率先在全國(guó)進(jìn)行自身抗體檢測(cè)的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應(yīng)用研究”獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；近年來(lái)，獲北京市科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)、中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)、華夏醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)等省部級(jí)獎(jiǎng)項(xiàng)共計(jì)13項(xiàng)。