曾學軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科科室承擔或參與完成了數(shù)十項國家和部委的科研課題，主持和參與眾多國際、國內(nèi)多中心臨床研究以及高質(zhì)量單中心臨床研究，發(fā)表數(shù)百篇SCI收錄論文，主持制定多項風濕免疫病領域臨床診斷和指南，先后獲得12項國家及省部級獎勵，包括3項國家科技進步獎，出版學術專著多部。為開展具有管理科學、規(guī)范的、符合國際一 流水平的全國大規(guī)模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅實的基礎。

今天的北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科，是醫(yī)療、教學、科研齊頭并進的科室典范，連續(xù)12年蟬聯(lián)復旦版《中國醫(yī)院?？坡曌u排行榜》風濕?？瓢袷?，連續(xù)9年在《中國醫(yī)院/中國醫(yī)學院?？萍剂恐担⊿TEM）》風濕病學與自體免疫病學中排名第 一，是中國風濕病學領域當之無愧的“領頭羊”。

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。