醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。
北京市級平臺：
北京市兒童外科矯形器具工程技術研究中心
兒童重大疾病北京市國際科技合作基地
◆ 北京市重點學科：
急救專業(yè)、普外專業(yè)、小兒白血病專業(yè)、中醫(yī)小兒脾胃病專業(yè)
◆ 北京市重點實驗室：
兒童耳鼻咽喉頭頸外科
兒童血液病與腫瘤分子分型
兒童呼吸道感染性疾病研究
兒童慢性腎臟病與血液凈化
出生缺陷遺傳學研究
國家兒童醫(yī)學中心首都醫(yī)科大學附屬北京兒童醫(yī)院白血病專業(yè)在胡亞美院士帶領下，從1976年率先在國內開展兒童白血病診治，1998年至今血液專業(yè)被評為北京市重點學科。目前北京兒童醫(yī)院(北京病區(qū))每年收治兒童和青少年白血病患兒近300例，北京兒童醫(yī)院保定病區(qū)每年收治兒童和青少年白血病患兒近100例。
白血病是起源于骨髓的一種惡性腫瘤，兒童和青少年白血病發(fā)病率為十萬分之四左右，即每年我國新發(fā)1.5-2萬例。隨著科學技術的發(fā)展，兒童白血病診治水平不斷提高，目前兒童急性淋巴細胞白血病的率已達80%以上、急性髓細胞白血病率達70%以上、急性早幼粒細胞白血病率達95%以上。據(jù)2020年底統(tǒng)計，北京兒童醫(yī)院已白血病患兒3000余人，其中不少孩子已長大成人，進入大學學習和走上工作崗位，并且結婚生育了100多名健康的小寶寶。
從2008年起，在吳敏媛教授帶領下白血病專業(yè)組牽頭開展了全國兒童白血病多中心診治研究，之后白血病團隊不斷提高全國兒童和青少年白血病診治的同質化水平，是國家衛(wèi)生健康委制定白血病臨床路徑和診療規(guī)范的牽頭單位。從2015年起，我們不斷優(yōu)化方案，在經典化療的基礎上開展兒童和青少年白血病的靶向和免疫，逐漸減化療和去化療，明顯降低了白血病過程中的毒副作用。在白血病診治過程中同時開展多學科聯(lián)合診治及人文關懷，每年舉辦“六一”兒童聯(lián)歡會，使患兒不僅獲得軀體疾病的，更獲得精神心理的康復，明顯提高了康復兒童的生存質量。2023年7月下旬，白血病科病房由西城本部院區(qū)遷至北京兒童醫(yī)院順義婦兒醫(yī)院院區(qū)，床位由40余張擴大至90張。
白血病專業(yè)組注重臨床科研及轉化醫(yī)學研究，負責國家及省部級科研項目30余項。開展了“兒童和青少年白血病的多學科綜合”、“白血病基因學分型和個性化”、“兒童白血病微小殘留病”等多項研究，獲科技成果獎10余項，發(fā)表研究論文200余篇。
耳鼻咽喉頭頸外科學科帶頭人倪鑫，國家兒童醫(yī)學中心主任，首都醫(yī)科大學附屬北京兒童醫(yī)院院長，主任醫(yī)師，教授，博士生導師。
耳鼻咽喉頭頸外科教授團隊:倪鑫、鄭軍、葛文彤、張杰、劉海紅、許志飛、郭永麗、王生才等。
首都醫(yī)科大學附屬北京兒童醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科于1975年建科，2023年4月獲批國家重點臨床?？?，成立至今已經有近50年歷史?？剖颐嫦蛉珖鴥和颊?，以診治耳鼻咽喉及頭頸部常見病和疑難危重疾病為主，是中華醫(yī)學會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位和中國醫(yī)師協(xié)會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位?，F(xiàn)下設四個臨床專業(yè)和三大臨床診療中心，即耳科專業(yè)、鼻科專業(yè)、咽喉專業(yè)和頭頸專業(yè)以及兒童睡眠中心、兒童聽力診療中心和人工耳蝸中心。依托國家兒童醫(yī)學中心發(fā)展平臺，聯(lián)合首都醫(yī)科大學兒童上氣道阻塞性疾病臨床診療與研究中心、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病北京市重點實驗室兩大科研支撐平臺，進行臨床-科研-教學三位一體的學科建設，目前已基本建成國內、國際先進的兒童耳鼻咽喉頭頸疾病綜合性基礎和臨床研究平臺。
科室現(xiàn)擁有醫(yī)療床位34張，睡眠中心床位12張，年門診量約20萬人次，年手術量3500余例?？剖夜灿嗅t(yī)師46人、研究員2人、副研究員1人及技術人員18人。醫(yī)師中主任醫(yī)師18人，副主任醫(yī)師12人，主治醫(yī)師9人，住院醫(yī)師7人?？剖椰F(xiàn)有教授5人，副教授2人，講師9人;博士研究生導師6人，碩士研究生導師1人。
科室擁有多種國內外的耳鼻咽喉頭頸外科醫(yī)療設備，如達芬奇機器人操作系統(tǒng)，美敦力顱神經電生理監(jiān)測系統(tǒng)，美敦力ENT電磁導航系統(tǒng)，超聲刀系統(tǒng)，蔡司顯微鏡，STORZ超高清鼻內鏡系統(tǒng)等，可充分滿足對兒童耳鼻咽喉頭頸外科所有病種的臨床診療需求。