2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國(guó)內(nèi)早系統(tǒng)開(kāi)展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國(guó)北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉(cāng)，6間千級(jí)移植倉(cāng)，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國(guó)北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長(zhǎng)駐北京和保定同時(shí)開(kāi)展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。
目前科室開(kāi)展異基因造血干細(xì)胞移植和自體造血干細(xì)胞移植，異基因造血干細(xì)胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細(xì)胞來(lái)源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細(xì)胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細(xì)胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細(xì)胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心多學(xué)科技術(shù)支持，對(duì)難治/復(fù)查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關(guān)疾病、小年齡組患兒以及復(fù)雜重癥病例的移植經(jīng)驗(yàn)豐富，現(xiàn)為國(guó)內(nèi)的石骨癥的移植中心，同時(shí)在噬血細(xì)胞綜合征及慢性活動(dòng)性EB病毒感染及相關(guān)疾病的也處于國(guó)際水平。結(jié)合兒科病人的特點(diǎn)，相對(duì)于其他移植中心，更注重了對(duì)移植前后病人的生存質(zhì)量、營(yíng)養(yǎng)管理、生長(zhǎng)發(fā)育的監(jiān)測(cè)及干預(yù)。設(shè)有由專業(yè)醫(yī)護(hù)、心理及醫(yī)務(wù)社工團(tuán)隊(duì)組成的舒緩小組，對(duì)患兒進(jìn)行疼痛癥狀管理，患兒及家長(zhǎng)的心理疏導(dǎo)，進(jìn)一步提高患兒的生存質(zhì)量。
耳鼻咽喉頭頸外科學(xué)科帶頭人倪鑫，國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心主任，首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院院長(zhǎng)，主任醫(yī)師，教授，博士生導(dǎo)師。
耳鼻咽喉頭頸外科教授團(tuán)隊(duì):倪鑫、鄭軍、葛文彤、張杰、劉海紅、許志飛、郭永麗、王生才等。
首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科于1975年建科，2023年4月獲批國(guó)家重點(diǎn)臨床?？?，成立至今已經(jīng)有近50年歷史?？剖颐嫦蛉珖?guó)兒童患者，以診治耳鼻咽喉及頭頸部常見(jiàn)病和疑難危重疾病為主，是中華醫(yī)學(xué)會(huì)耳鼻咽喉頭頸外科分會(huì)小兒學(xué)組組長(zhǎng)單位和中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)耳鼻咽喉頭頸外科分會(huì)小兒學(xué)組組長(zhǎng)單位。現(xiàn)下設(shè)四個(gè)臨床專業(yè)和三大臨床診療中心，即耳科專業(yè)、鼻科專業(yè)、咽喉專業(yè)和頭頸專業(yè)以及兒童睡眠中心、兒童聽(tīng)力診療中心和人工耳蝸中心。依托國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心發(fā)展平臺(tái)，聯(lián)合首都醫(yī)科大學(xué)兒童上氣道阻塞性疾病臨床診療與研究中心、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室兩大科研支撐平臺(tái)，進(jìn)行臨床-科研-教學(xué)三位一體的學(xué)科建設(shè)，目前已基本建成國(guó)內(nèi)、國(guó)際先進(jìn)的兒童耳鼻咽喉頭頸疾病綜合性基礎(chǔ)和臨床研究平臺(tái)。
科室現(xiàn)擁有醫(yī)療床位34張，睡眠中心床位12張，年門(mén)診量約20萬(wàn)人次，年手術(shù)量3500余例?？剖夜灿嗅t(yī)師46人、研究員2人、副研究員1人及技術(shù)人員18人。醫(yī)師中主任醫(yī)師18人，副主任醫(yī)師12人，主治醫(yī)師9人，住院醫(yī)師7人。科室現(xiàn)有教授5人，副教授2人，講師9人;博士研究生導(dǎo)師6人，碩士研究生導(dǎo)師1人。
科室擁有多種國(guó)內(nèi)外的耳鼻咽喉頭頸外科醫(yī)療設(shè)備，如達(dá)芬奇機(jī)器人操作系統(tǒng)，美敦力顱神經(jīng)電生理監(jiān)測(cè)系統(tǒng)，美敦力ENT電磁導(dǎo)航系統(tǒng)，超聲刀系統(tǒng)，蔡司顯微鏡，STORZ超高清鼻內(nèi)鏡系統(tǒng)等，可充分滿足對(duì)兒童耳鼻咽喉頭頸外科所有病種的臨床診療需求。
開(kāi)展的特色診療項(xiàng)目包括特發(fā)性眼球震顫等復(fù)雜斜視的手術(shù)及發(fā)病機(jī)制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術(shù)，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術(shù)后個(gè)性化視覺(jué)功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術(shù)、微創(chuàng)淚道重建術(shù)、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術(shù)等復(fù)雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進(jìn)行額肌懸吊術(shù)兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術(shù)，視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤的個(gè)性化綜合， 360°微導(dǎo)管引導(dǎo)下小梁切開(kāi)術(shù)先天性青光眼等。