農(nóng)民工工資保證金的收取程序是：本市注冊的二級以上施工總承包企業(yè)、一級專業(yè)承包企業(yè)和外地進津建筑業(yè)企業(yè)由市施工隊伍管理站統(tǒng)一收??；然后企業(yè)持繳款通知到保證金賬戶所在銀行足額繳納保證金、企業(yè)簽署關于保證金管理和使用的書面承諾書、區(qū)縣建設行政主管部門或市施管站開具保證金收據(jù)和《農(nóng)民工工資保證金繳存憑證》。

《建設領域農(nóng)民工工資支付管理暫行辦法》第十五條

企業(yè)應按有關規(guī)定繳納工資保障金，存入當?shù)卣付ǖ膶?，用于墊付拖欠的農(nóng)民工工資。

《保障農(nóng)民工工資支付條例》第三十二條

施工總承包單位應當按照有關規(guī)定存儲工資保證金，專項用于支付為所承包工程提供勞動的農(nóng)民工被拖欠的工資。

工資保證金實行差異化存儲辦法，對一定時期內(nèi)未發(fā)生工資拖欠的單位實行減免措施，對發(fā)生工資拖欠的單位適當提高存儲比例。工資保證金可以用金融機構保函替代。

工資保證金的存儲比例、存儲形式、減免措施等具體辦法，由人力資源社會保障行政部門會同有關部門制定。