公司保函：開取較為便捷，辦理資料較簡單（中標通知書或合同、擔保協(xié)議、反擔保協(xié)議），費用較低。但由于其本質為商業(yè)信用擔保，所以公信力較低。另外，公司保函大多有很強烈的地域特色，某一地區(qū)被承認的擔保公司多是由當地相關部門等批準，因而其出具的保函具有區(qū)域作用限制。

銀行保函：

1. 保函性質：由于其出具的保函具有專業(yè)金融性質、實質擔保的能力更強以及其銀行信用等特點，因而公信力較擔保公司出具的保函更強，所以，在大型工程招標流程中，招標方會在招標文件或中標文件、合同中明確要求投標單位提供銀行保函而非擔保公司保函。

2. 辦理要求：銀行保函辦理要求相對公司保函更為嚴格，基本的要求是被保證方必須在保證銀行方有足夠的授信額度，如果沒有授信額度則需要有不低于被保額度的存款準備，并且該存款在保函有效期內不可被動用。另外，費用較擔保公司保函也更高；辦理手續(xù)的周期也相對更長。